История создания ГИМС опубликована на сайте Главного управления МЧС России по Ямало-Ненецкому автономному округу.

Государственная инспекция по маломерным судам МЧС России берёт своё начало 15 июня 1984 года. В то время ГИМС находилась в ведении нескольких министерств и только в 2004 году была передана в министерство чрезвычайных ситуаций России. В её состав входили инспекторские отделения, участки, группы и спасательные подразделения. В этом же году постановлением Правительства Российской Федерации № 835 было утверждено новое Положение о ГИМС МЧС России. За безопасность на водных дорогах Ямала отвечал ГИМС по Обь-Иртышскому бассейну.

В современном виде Государственная инспекция по маломерным судам в Ямало-Ненецком автономном округе была создана лишь 22 апреля 2005 года. Как и 38 лет назад, основными задачами ГИМС МЧС России является обеспечение безопасности людей на водных объектах и осуществление государственного и технического надзора за маломерными судами.