Качество воды в реке Преголе на территории промышленной зоны Калининграда в 2018 году перешло из категории «загрязнённая» в «грязную». Содержание нитритного азота достигало критического уровня (9 ПДК). Такие данные приводят в проекте доклада «О состоянии и об охране окружающей среды Российской Федерации в 2018 году».
Как отмечают специалисты Миприроды, загрязнение бассейна реки в целом по области связано с поступлением сточных вод промышленных предприятий, канализационных систем населённых пунктов и сельскохозяйственных объектов. К тому же в 2018 году наблюдалось увеличение минерализации до 3 729 мг/л, а хлоридов и сульфатов — вплоть до 2 694 и 259 мг/л.
Зимой 2019 года Росприроднадзор зафиксировал превышение уровня концентрации железа в Преголе в семь раз. Как отметили специалисты, подобное превышение в зимнее время фиксируется в реке каждый год. Ранее экс-главный архитектор Калининграда Вячеслав Генне заявлял, что Преголя не грязнее Сены, Темзы и других водоёмов крупных городов.