Он подозревался в злоупотреблении должностными полномочиями, путем необоснованного заключения дополнительных соглашении с ИП "Оразалиев" по проведению в 2017 году химической обработки саранчовых вредителей в Жамбылской области, повлекшее тяжкие последствия.
Также он подозревался в превышении должностных полномочий выразившихся в требовании 4 000 литров ядохимиката у ТОО "КазТрастКем" на безвозмездной основе и незаконном привлечении специальной техники подведомственной Комитету организации на места обработки. Действиями Айнабекова государству и юридическим лицам нанесен ущерб на сумму более 48 млн тенге.