Здание, разместившееся в самом центре Софийского двора, имеет сложную строительную историю. Оно возникло в 1780-х гг. на основе реконструкции стоящих здесь более древних служебных построек – каменного погреба с сушилом наверху и монашеского корпуса.
С конца XIX в. здание занимала консистория. Консистория ведала всеми делами епархиального управления, церковно-следственными делами по борьбе с еретиками и раскольниками, а также миссионерской деятельностью православной церкви в Сибири.
В настоящее время в этом здании размещена Тобольская духовная семинария.
С этим зданием связан необычный памятник Софийского двора – подземный ход. Начало его обнаружено в подклети северного крыла, самой древней части здания, сооруженной в первой трети XVIII в. и когда-то представлявшей собой каменный погреб с сушилом наверху. Направление подземного хода показывает, что с помощью его погреб сообщался с комплексом древних митрополичьих келий, занимавших середину архиерейского двора и разобранных в конце XVIII в. Длина кирпичного канала составляет 12,8 м, а высота 2,3 м. По сторонам имеются небольшие помещения: три – с западной, пять – с восточной. Примерно в середине хода на западной стороне обнаружен спуск, ведущий к главному подземному каналу западного направления. В настоящее время канал законсервирован.