С учетом того, что очистные сооружения планируются к строительству в Центральной экологической зоне Байкала, присутствует высокий риск загрязнения уникальной экосистемы. Природоохранным прокурором были объявлены предостережения руководителю Управления капитального строительства республики и главе Северо-Байкальского района, после чего техническое задание было исправлено.