Группа ученых из России, Финляндии, Италии, Китая, Тайваня и Канады, в состав которой вошли исследователи Красноярского научного центра Сибирского отделения РАН, разработала новую методику создания аптамеров для определения или «обезвреживания» вирусов. Об этом рассказали в пресс-службе научного центра 10 февраля.
Ученые создали новый 31-мерный ДНК-аптамер к шиповидному белку коронавируса. Механизм взаимодействия с мишенью похож на то, как антитела борются с вирусом. «Они способны присоединяться к конкретной биологической мишени, например, белку шипа коронавируса, который важен для проникновения вируса в клетки хозяина», — отметили ученые.
«Селекция аптамеров — сложный и трудоемкий процесс. Его можно упростить, сочетая вычисления и эксперименты. Мы разработали надежную технологию дизайна аптамера, — пояснила завлабораторией цифровых управляемых лекарств и тераностики Красноярского научного центра. — Ее преимущество — в использовании мощности суперкомпьютера для быстрого конструирования молекул, блокирующих инфицирование вирусами. Это поможет, быстро и своевременно реагировать на потенциальные новые вирусы. Наш подход сочетает в себе несколько этапов: молекулярный дизайн, основанный на виртуальном скрининге библиотек аптамеров ДНК и направленном мутагенезе для увеличения соответствия третичной структуре белка; трехмерное молекулярное моделирование мишени и стыковки аптамера с белком; молекулярно-динамическое моделирование комплексов и квантово-механическая оценка взаимодействия между аптамером и мишенью с дальнейшим экспериментальным анализом».
Исследователи создали модифицированный аптамер Apt31, который высоко специфичен к белку шипа коронавируса. Эксперименты доказали его эффективность.