Свою историю Нефтеюганская скорая начала в 1963 году с небольшого вагончика, первого медицинского пункта в посёлка Усть-Балык. Первыми фельдшерами были Тонких Анна Иосифовна и Иглина Анна Алексеевна.
В 1964 была году организована участковая больница на пятнадцать коек с отделением скорой помощи. А уже в 1967 году посёлок Усть-Балык получает статус города и новое название — Нефтеюганск. Больница становится городской, в её состав входит отделение скорой помощи.
⠀
В ноябре 2003 года на основании распоряжения Главы города Нефтеюганская городская больница была реорганизована, путём выделения из её состава Станции скорой медицинской помощи. Окончательный переход в самостоятельное учреждение совершился в январе 2004 года.