Марат Шахметов выступал за «Шахтер» с 2017 года. Всего за клуб в Премьер-лиге отыграл 59 матчей, забил шесть мячей и отдал четыре голевые передачи. Также защищал цвета «Астаны», «Атырау», «Иртыша», «Жетысу», «Акжайыка» и «Тараза».