9 марта 1995 г. на территории комплекса «Байконур» была создана прокуратура города и космодрома «Байконур» (в/ч 11284), которая в 2001 г. была переименована в прокуратуру комплекса «Байконур».
На прокуратуру возложен надзор за исполнением законов, соблюдением прав и свобод человека и гражданина, за соответствием законам издаваемых правовых актов, надзора за исполнением законов органами, осуществляющими предварительное следствие, дознание и оперативно-розыскную деятельность, а также уголовное преследование по уголовным делам о преступлениях, совершаемых на территории комплекса «Байконур» (за исключением военнослужащих).
Первым прокурором был назначен Сафронов Виктор Романович. С 1999 г. прокуратуру комплекса «Байконур» возглавлял прокурор Шоколов Валерий Алексеевич. С августа 2002 г. по 2014 г. прокуратуру комплекса «Байконур» возглавлял старший советник юстиции Тимошичев Андрей Михайлович.
С декабря 2014 г. по май 2015 г. прокурором являлся Полуэктов Олег Вячеславович.
С сентября 2015 г. прокуратурой комплекса "Байконур" руководит Трифонов Александр Александрович.