В июле 1938 года согласно постановлению президиума Новосибирского облисполкома № 894 был создан Казанцевский сельсовет. Спустя двадцать лет, в 1953 году, этот сельсовет был объединён с Беловским сельсоветом, и его административным центром стало село Казанцево. Однако в январе 1966 года Новосибирский облисполком удовлетворил просьбу Барабинского райисполкома, и Казанцевский сельсовет вместе с его населёнными пунктами был передан в состав Зюзинского сельсовета.
В 1965 году также обсуждалось создание Щербаковского сельсовета с административным центром в деревне Щербаково. Эта деревня была центральной усадьбой Плодопитомнического совхоза. В состав нового сельсовета планировалось включить деревню Щербаково, разъезд Труновское, участки железной дороги — Новогутовский блок-пост и километры 740, 772, 769, 756 и 752, а также два дома нефтепровода. Кроме того, в границы нового сельсовета предполагалось включить фермы № 1 (центральная усадьба), ферму № 2 и бригаду № 2 Ульяновского совхоза, которые до этого находились под управлением Барабинского горисполкома.
В январе 1966 года Новосибирский облисполком принял решение № 31, согласно которому был образован Щербаковский сельсовет с центром в деревне Щербаково.
19 ноября 1973 года решением Новосибирского облисполкома № 744 деревня Новогутово была передана из Козловского сельсовета в состав Щербаковского.
28 июля 1977 года согласно решению Новосибирского облисполкома № 509 из учётных данных Щербаковского сельсовета были исключены железнодорожный блокпост 3055 км и железнодорожный блокпост 3068 км.
В настоящее время население муниципального образования проживает в семи населённых пунктах: д. Старощербаково, д. Новогутово, п. Горка, с. Новоульяновское, железнодорожная станция Труновское, железнодорожный разъезд 3071 км, железнодорожный разъезд 3046 км Новогутово.