Евгений Казаченко родился 7 марта 1968 года в Чите. В 1987 году окончил Читинский техникум железнодорожного транспорта по специальности «Энергоснабжение и энергетическое хозяйство железнодорожного транспорта», по квалификации — техник-электрик, в 2003-м — Забайкальский государственный педагогический университет по специальности «Психология», по квалификации педагог-психолог.

Начинал профессиональную карьеру электромонтёром в селе Ханкуль Красноярского края. С 1998 по 2008 работал в читинском центре социально-психологической помощи семье и детям «Доверие» сначала специалистом по социальной работе, позже — психологом по профконсультированию, заместителем директора.

В 2008 году возглавлял психолого-педагогический, медико-социальный центр «Лад», затем работал в комитете образования Читы. 2008—2011 годы — помощник руководителя министерства социальной защиты населения Забайкальского края, 2011—2013 годы — начальник отдела организации деятельности учреждений регионального минтруда.

С 2015 по 2018 год — заместитель министра – начальник управления организации деятельности учреждений министерства. В октябре 2018 года был назначен первым заместителем министра труда и соцзащиты населения края. С 24 июля временно исполнял обязанности министра.