С 1979 года по 1998 год Геннадий Филиппов проработал заведующим Читинским областным отделом народного образования, начальником главного управления образования Читинской области. Он способствовал строительству в области многих школ в общей сложности на 320 тысяч учебных мест, детских дошкольных учреждений на 150 тысяч мест, содействовал внедрению новых технологий в образовательный процесс, улучшению системы подготовки педагогических кадров в средне-специальных учебных заведениях.